1939 – переименование ЦНИГРИ во Всесоюзный научно- исследовательский геологический институт (ВСЕГЕИ). Институт, освободившись от административных функций управления Государственной геологической службой страны, оставался ведущим, а по многим направлениям исследований единственным научным геологическим учреждением в государстве. Это налагало на ВСЕГЕИ особую ответственность за изучение геологии страны и увеличения её минерально-сырьевой базы с целью обеспечения народного хозяйства необходимыми видами минеральных ресурсов.
В институте продолжались съемочные и поисковые работы, начатые в 30-е годы, ставились новые темы. Систематическое изучение месторождений и анализ геологического строения регионов привели к обоснованию прогноза ряда полезных ископаемых, к пересчетам их запасов и т.д. Комитет по делам высшей школы включил ВСЕГЕИ в список организаций, имеющих право приема докторских и кандидатских диссертаций.
Директорами ВСЕГЕИ в разные годы были: Н.А.Быховер (1939-1944 гг.), И.И.Горский (1944-1947 гг.), Е.О.Погребицкий (1947-1949 гг.), Л.Я.Нестеров (1949-1956 гг.), Н.И.Марочкин (1957-1963 гг.), Е.Т.Шаталов (1963-1969 гг.), А.Д.Щеглов (1969-1970 гг.), А.И.Жамойда (1970-1987 гг.), А.Д.Щеглов (1987-1998 гг.), с 1998 г. директором ВСЕГЕИ является О.В.Петров.
1940 – издана первая Геологическая карта СССР масштаба 1: 2 500 000, составленная сотрудниками ЦНИГРИ - ВСЕГЕИ под редакцией Д.В.Наливкина.
На Ученом совете института успешно защитили докторские диссертации Ю.Ир.Половинкина и И.В.Данилевский. В следующем году состоялась защита докторских диссертаций Ю.А.Билибиным, А.А.Логачевым, М.П.Распоповым, С.П.Соловьевым.
1941 – Создана первая Геологическая карта центральной и южной частей Средней Азии масштаба 1: 750 000 под редакцией А.П.Марковского, как один из итогов деятельности Таджикско-Памирской экспедиции (1928-1941 гг.).
С началом Великой Отечественной войны для института наступил период коренной перестройки. Часть сотрудников, способных носить оружие ушла на защиту Родины, остальные приступили к выполнению гражданского долга на трудовом фронте. По трудным фронтовым дорогам прошли Л.И.Боровиков, В.С.Глазунов, А.Е.Довжиков, В.С.Домарев, Л.П.Колосова, С.М.Кореневский, Л.И.Красный, П.Ф.Ли, Ф.Я.Сапрыкин и многие другие.
В блокадном Ленинграде осталось 67 сотрудников, штабом МПВО-объекта «ВСЕГЕИ» руководила Ю.Ир.Половинкина. Все сотрудники института, библиотеки и музея участвовали в оборонных работах. Был создан отдел военной геологии (Г.П.Синягин, А.С.Семенов, И.А.Уткин, А.А.Логачев, Б.Я.Юфа, Н.Ф.Погребов, И.К.Зайцев, И.В.Данилевский, С.А.Яковлев и другие) со специализированными группами: инженерно-геологической, гидротехнической, геофизической, четвертичной и другие, выполнявший заказы штаба Ленинградского фронта. По просьбе Морского госпиталя № 1, разместившегося в здании института, была разработана технология получения витаминов из хвои и создана специальная установка. Было налажено изготовление спичек.
1942– завершена эвакуация ВСЕГЕИ в г. Кыштым на Урале. Геологи института, выехавшие на полевые работы и эвакуированные в тыл, выполняли ответственные задания по обеспечению военной промышленности необходимым сырьем, часть месторождений которого оказалась на временно оккупированной территории. Изучались и разведывались месторождения цветных металлов в Казахстане – К.И.Дворцова, Н.П.Михайлов, А.И.Семенов; на Рудном Алтае – П.П.Буров, Н.Н.Курек, В.П.Нехорошев, А.П.Никольский; железных руд в Кузнецко Алатау и Горной Шории – А.Л.Додин; каменного угля в Киргизии – Н.В.Шабаров; олова в Забайкалье – С.С.Смирнов; бора в Приморье – С.П.Соловьев и многие, многие другие.
Высокая квалификация сотрудников ВСЕГЕИ позволила им в течение всей войны руководить и работать в геологических экспедициях, принимать активное участие в создании геологических служб и академий наук в союзных республиках.
1944 – в феврале возобновлена деятельность ВСЕГЕИ в г. Ленинграде. Перед директором ВСЕГЕИ членом-корреспондентом АН СССР И.И.Горским и сотрудниками института встали три равнозначные и трудновыполнимые задачи:
определить основные направления исследований института и начать сами работы;
собрать рассредоточенных по всей стране сотрудников и привлечь молодые кадры;
провести собственными силами ремонт, включая новое перекрытие здания и восстановление лабораторий.
Был создан Штаб по восстановлению института, организованы ремонтные бригады из сотрудников института, которые возглавили В.В.Зацер, Л.Д.Кипарисова, Т.И.Осыко, А.А.Иванов и др. К ноябрьским праздникам 1944 года остекление института было закончено, сотрудники занялись приведением в порядок кабинетов и лабораторий. К концу года эти работы в основном были завершены. Отопление восстановлено. Коллектив института мог приступить к продолжению научных работ, которые полностью развернулись в 1945 году.
М.И.Ициксон и А.П.Прокофьев, работая на Дальнем Востоке, открыли Хинганское оловорудное месторождение.
1945 – широким фронтом развернулись исследования в области региональной геологии и полезных ископаемых, рассчитанные на перспективу. В течение года удалось восстановить 12 лабораторий и две мастерские. В поле выехало 17 партий. Под руководством И.И.Горского продолжились работы по составлению листов Государственной геологической карты СССР масштаба 1: 1000 000, а также по подготовке второго издания Геологической карты СССР масштаба 1: 2 500 000. Организованная И.М.Покровской палеонтологическая лаборатория вскоре стала ведущим научным центром палеонтологических исследований в стране. На Ученом совете ВСЕГЕИ прошла защита трех докторских (Н.П.Луппов, В.Ф.Пчелинцев, Н.М.Успенский) и трех кандидатских диссертаций.
