Член-корреспондент Академии наук, старший геолог Комитета со дня его основания. Окончил Московский университет по специальности ботаника. Впоследствии он написал даже учебник ботаники, выдержавший несколько изданий. Магистерскую диссертацию защитил по палеонтологии, и далее работал как геолог, палеонтолог и гидрогеолог. Известен С.Н. Никитин как крупнейший специалист своего времени по юре и мелу Европейской России, как первооткрыватель татарского яруса верхней перми («яруса черных мергелей»). С.Н. Никитина наряду с Н.А. Головкинским по праву можно считать основоположником отечественной гидрогеологии. Разработал основные положения плана систематического геологического изучения России на основе составления девятиверстной геологической карты и районирования территории для целей геологической съемки; подготовил первую инструкцию по составлению геологической карты. В мае 1882 г. был назначен заведующим, только что созданной Геолкомом, геологической библиотекой. Он же – инициатор, основатель и редактор библиографического указателя «Русская геологическая библиотека».
«Сергей Николаевич, – писал о нем А.А. Борисяк, – принадлежал к той небольшой, но славной кучке наших «отцов», которые четверть века назад заложили первый камень нынешнего Комитета и на гроши в короткий срок создали и Комитет, и его славу и, в значительной мере, славу русской геологической науки».
