Истоки отдела по региональной геологии Сибири можно видеть в структуре ЦНИГРИ, возникшего в результате ряда реорганизаций в 30-х годах прошлого века ранее существовавшего Геологического комитета.
В составе ЦНИГРИ было семь региональных групп, в число которых входила Сибирская. История создания отдела Восточной Сибири ВСЕГЕИ близкого к современному виду приходится на рубеж 50-60-х годов прошлого века. В задачу отдела геологии и полезных ископаемых Сибири входили комплексное геологическое изучение региона, создание научных обобщений и в первую очередь сводных карт разного содержания, как важнейшей основы планирования и размещения средне- и крупномасштабных геологосъемочных и поисковых работ. Курирование этих работ выполнялось по территориальной принадлежности специальными группами региональных отделов. Большой вклад отдел Сибири внес в создание Госгеолкарты масштаба 1 : 1 000 000 первого поколения (Госгеолкарты-1000/1). Эти работы были завершены в 1966 г., но уже в 1964 г. начались работы по составлению Государственной геологической карты СССР масштаба 1 : 1 000 000 второго поколения (Госгеолкарты-1000/2). Она стала основным справочным ресурсом по геологическому строению и полезным ископаемым СССР, был значительно расширен комплект карт, который включал не только геологическую, но и четвертичную карту, а также карту полезных ископаемых.
В работе отдела Сибири (заведующие отделом М.Л. Лурье, А.Л. Додин, Ю.Г. Старицкий, П.С. Матросов, Г.Н. Шапошников, Е.П. Миронюк - бессменный руководитель отдела Восточной Сибири в течении 35 лет) большое внимание уделялось Сибирской платформе. Широкий комплекс тематических и поисково-съемочных работ на алмазы в пределах Сибирской платформы увенчался успехом в 1954 году, когда геолог Центральной экспедиции ВСЕГЕИ Л.А. Попугаева открыла кимберлитовую трубку «Зарница». В 70-80х годах коллективом отдела Сибири под руководством Н.С. Малича были составлены и изданы «Карта геологических формаций чехла Сибирской платформы» (1977), «Тектоническая карта Сибирской платформы» (1980), «Металлогеническая карта Сибирской платформы» (1984). Написаны и изданы крупные монографии «Тектоническое развитие чехла Сибирской платформы» (1975), «Принципы и методы минерагенического анализа платформ» (1980). Дальнейшим продолжением этих работ явилась «Геологическая карта Сибирской платформы и прилегающих территорий» (1999) и обобщающий многолетний опыт исследований том «Восточная Сибирь» (2002) шеститомника серии «Геология и полезные ископаемые России».
Работами отдела Сибири в 1970-х годах под руководством В.Л. Масайтиса в северной части Сибирской платформы впервые было установлено наличие крупной импактной структуры (Попигайская астроблема) с запасами импактных алмазов, превышающих все запасы алмазов земного шара. В 70-х годах изучалось складчатое обрамление Сибирской платформы. Под руководством А.Л. Додина, Е.К. Ковригиной, П.С. Матросова, Е.П. Миронюка проведено его структурно-формационное и минерагеническое районирование. Под руководством Г.Н. Шапошникова впервые изучены зоны и ареалы тектоно-магматической активизации и металлогения Алтае-Саянского региона и сопредельных районов Северо-Западной Монголии. Результаты этих исследований были обобщены в монографиях «Закономерности формирования активизированных зон Алтае-Саянской складчатой области» (1975), «Геология и минерагения Южной Сибири» (1979).
