История и деятельность Отдела тесно связана с историей Геологического института им. А.П. Карпинского (подробнее можно ознакомиться по ссылке - https://www.vsegei.ru/ru/activity/areal_geology/far_east/history/history2.php).
Отдел в современном формате был сформирован в 2020 г. на базе сектора Дальнего Востока отдела региональной геологии и полезных ископаемых Восточных районов.