В музее функционирует ряд специализированных выставок, представляющих интерес для широкой публики.
На выставке «Строительно-облицовочный камень в архитектуре Санкт-Петербурга XVIII – начала XX вв.» представлены более 70 разновидностей природного строительного и облицовочного камня, использовавшегося при строительстве и декорировании зданий, набережных, дворцов и памятников нашего города. В экспозицию включены графические и текстовые материалы, иллюстрирующие добычу, доставку и использование в архитектуре природного камня.
На выставке «Каменные этюды», предлагающей посетителям ассоциативно-эмоциональное восприятие царства минералов, представлены композиции из природных камней, изображений ассоциируемых с ними природных или рукотворных объектов и эмоционально отвечающих им японских трехстиший (хокку или хайку).
На выставке «Магия самоцветов» демонстрируются образцы минералов и горных пород, которые люди издревле наделяли магическими и лечебными свойствами.
На выставке «Агаты» демонстрируются разновидности этих поделочных камней в соответствии с принятой классификацией.
Выставка «Минеральные краски» знакомит с минералами, использовавшимися для приготовления различных красок со времен первобытного человека и до настоящего времени.
На выставке «Метеориты» представлены все три класса метеоритов: железные, каменные и железокаменные, а также тектиты, образовавшиеся в результате плавления земных пород при падении метеорита.
ЦНИГР музей является крупным культурно-просветительным центром. Его постоянно посещают экскурсии школьников, так как тематика проводимых экскурсий тесно связана со школьными программами по природоведению, геологии, биологии, экологии, физике, химии, истории города и т.д.
Большое внимание в организации просветительной деятельности музея уделяется работе с учащимися и студентами лицеев, техникумов и ВУЗов. Студенты технических, гуманитарных, естественных и художественных специальностей могут получить здесь различную информацию в зависимости от их будущей профессии.
Музей представляет большой интерес и для одиночных посетителей, которые не пользуются услугами экскурсоводов, т.к. построение экспозиций позволяет достаточно свободно ориентироваться в залах музея.
Музей принимает активное участие в мероприятиях, проводимых Комитетом по культуре Правительства Санкт-Петербурга. В 2004 г. в рамках фестиваля «Современное искусство в традиционном музее» в стенах музея был реализован проект петербургского художника П. Швецова «Колумбарий». В 2006 г. музей принял участие в фестивале «Детские дни в Санкт-Петербурге», в 2010 г. участвовал в «Ночи музеев 2010».
